סוכן ה-IMF, איתן האנט, מואשם בהתקפת הטרור של הקרמלין, ויחד עם שאר חברי הסוכנות, נאלצים להתמודד עם הכרזת הנשיא על ״ghost protocol״. ללא משאבים וגיבוי ממשלתי, הסוכן איתן האנט חייב למצוא דרך לטהר את שם הסוכנות ולמנוע התקפה נוספת. על מנת לסבך את העניינים אף יותר, איתן נדרש לצאת למשימה עם צוות של סוכנים מבוקשים של ה-IMF אשר מניעיהם האישיים לא לגמרי ברורים לו.